Em 1924 vai para Alemanha para encontrar com seu marido que tinha sido deportado, tenta fazer os mesmos trabalhos que realizou na Rússia, mas não tem a mesma resposta, então faz apenas um trabalho para refugiados e no fim desse ano ela retorna para Suíça para se dedicar aos estudos com Claparède. Durante a sua permanência em Genebra, entre os anos de 1926 e 1928, publicou diversos artigos científicos em revistas especializadas. Nos seus trabalhos defende o Método da Experimentação Natural que utilizaria durante sua experiência de avaliação do desenvolvimento cognitivo na Rússia, sendo pioneira nesta matéria fora da União Soviética.

Em 1929, o professor Francisco Campos, na época então Secretário de Educação e Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, no governo de Antônio Carlos de Andrada, convidou Helena Antipoff para promover a mudança no desenvolvimento do ensino e apostava na renovação pedagógica, do sistema educativo de Minas Gerais. O Estado atravessava uma fase em que parecia indispensável que os ensinamentos de novas técnicas e concepções dos problemas pedagógicos viessem de países mais adiantados. Helena, chegou ao Brasil no mesmo ano, e fixou-se em Minas Gerais, com o objetivo de dar aulas de psicologia na Escola de Aperfeiçoamento Pedagógico de Belo Horizonte e logo reabriu o Laboratório de Psicologia da instituição com intuito de ampliar as pesquisas e identificar a realidade da educação mineira.

Todos os estudos de Helena sempre tiveram como base a Educação, a Psicologia e a união das áreas no ambiente escolar, e a utilização da Psicologia como ferramenta escolar para descobrir potenciais e níveis de desenvolvimento mental. Junto aos trabalhos realizados na Escola de Aperfeiçoamento de Belo Horizonte – MG, como professora de Psicologia, em 1932, criou a Sociedade Pestalozzi de Minas Gerais junto a um grupo de amigos de diversas áreas de atuação da cidade, com o propósito de ajudar os excepcionais, tendo como primeiro espaço de atendimento o consultório médico-pedagógico.

No ano de 1934, houve a expansão do trabalho com a criação do Pavilhão de Natal e o Instituto Pestalozzi, trabalhos que culminaram no Complexo Educacional da Fazenda do Rosário, em 1939, que tinha como proposta formação de professores, atendimentos aos excepcionais orgânicos e sociais e educação do campo. Em 1947, Helena começou a luta pelas crianças do campo. A convite do Governador Milton Campos e do Secretário de Educação Abgar Renault para cuidar do ensino rural, chefiou o SOTER (Serviço de Orientação Técnica de Ensino Rural) na Secretaria de Estado da Educação. Instalou-se na Fazenda do Rosário, criando os cursos de treinamento de professores rurais e a Escola Sandoval Soares de Azevedo – (ESSA), para formar professores rurais, em regime de internato. 

Mais tarde criou o ISER para formar professores para as escolas normais rurais e o Instituto Superior de Educação Rural (ISER) que, em 1970, foi transformado em Fundação (FEER), hoje (FHA) – Fundação Helena Antipoff. Foi, também, sua grande preocupação a realização de eventos socializadores, com vistas à educação integral, tais como: festa do milho, festas juninas e outras.

No ano de 1944, Helena Antipoff rompeu seu contrato com o governo mineiro e recebeu o convite do Rio de Janeiro para trabalhar no Departamento Nacional da Criança, e lá permaneceu até 1949. Trabalhou no Ministério da Educação e Saúde e ajudou na criação da Sociedade Pestalozzi do Brasil – RJ e do Centro de Orientação Juvenil (COJ). Também desenvolveu cursos para pessoas com deficiência, em especial pessoas com deficiência intelectual. Dentro do Ministério da Educação e Saúde, atuou no Departamento Nacional da Criança.

Na década de 1950 ampliou os estudos, promoção de cursos e pesquisas na área da educação especial e do campo, auxiliou na criação das Apaes, atuou na criação de cursos da UFMG, conseguiu parcerias que garantiu formação para professores do Brasil todo e foi uma das idealizadoras da Cademe e do Cenesp, que orientou de perto Sarah Couto.

Ainda na década de 1950 começou a defender a necessidade de se criar uma federação das Sociedades Pestalozzi que congregasse os esforços e experiências das diversas instituições que defendiam os ideais Pestalozzianos. Porém, apesar da sua considerável influência e das inúmeras reuniões realizadas, o projeto só ganhou adeptos em número suficiente em 1970, e em agosto daquele ano, após convocação de todas as entidades Pestalozzi, foi fundada no Rio de Janeiro a Federação Nacional das Sociedades Pestalozzi (Fenasp). 

A Fenasp assumiu desde então a promoção da expansão das instituições, providenciando apoio técnico às instituições que a integram e advogando uma política de educação adequada para pessoas com deficiência. A criação da Fenasp deu corpo a um ideal de Helena Antipoff e reforçou substancialmente o movimento pestalozziano brasileiro. Em 1974, Helena Antipoff foi coroada com o Prêmio Henning Albert Boilesen, de Educação e Cultura, tendo utilizado o dinheiro para implantar um laboratório de investigação ecológica na Fazenda do Rosário. 

Helena Antipoff faleceu na Fazenda do Rosário a 9 de agosto de 1974, deixando um legado de grande educadora que marcou não só aqueles que conviveram com ela, mas a sociedade em geral. À sua obra deve-se uma nova visão das questões relacionadas com a educação, e em especial com a educação especial. Como diz a mensagem escrita no mural que lhe serve de memorial na sede da Fundação Helena Antipoff, em Ibirité: Uma vida destinada a felicidade de outras vidas.